近十年来，医院承担了国家及省部级科研项目1500余项，获科技成果奖近300项，包括国家科技进步一等奖1项、国家技术发明二等奖1项、国家科技进步二等奖3项、国家科技进步三等奖1项。获国家重点研发项目多项，医院重大原创科研成果亮相国家科技创新成就展，接受党和国家领导人的检阅。医院新冠疫情科技贡献排名全球医院第3，多篇原创科技论文发表在《自然》《细胞》《柳叶刀》《循环》《美国科学院院报》等世界顶级杂志上。中国卓越科技论文数位居全国第6，SCI论文数位居全国第15，心血管内科学科活跃度位居全球医院第4，统计源论文数位居全国医院第4。

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医院目前拥有国家临床重点专科2个（呼吸与危重症医学科、普通外科），广东省临床重点专科7个（普通外科、胸外科、重症医学科、消化内科、神经内科、心血管内科、肾内科），拥有17个深圳市重点医学专科及多个支撑平台。2003年率先引进中国大陆第一台“宙斯ZEUS”手术机器人，并于2004年4月完成了中国大陆第一例机器人腹腔镜胆囊切除术。2013年介入微创诊疗中心被评为亚洲冷冻治疗培训基地。2014年胸外科完成了世界首例单孔全胸腔镜肺段袖式切除术，该项技术在SCI的发表标志着肺癌根治术，早期肺癌根治手术跻身国际水平。2015年9月获批“中国胸痛中心”医院。2015年10月获批人类辅助生殖中心。2017年1月被认定为“广东省产前诊断专项技术指导中心”、“广东省重症孕产妇救治中心”和“广东省重症新生儿救治中心单位”。2019年成功引进TOMO 螺旋断层放射治疗系统和第四代达芬奇手术机器人（均为深圳首台）。2023年1月成功获批认定为“广东省老年疾病临床医学研究中心”

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医院定期选送专业技术骨干前往纽约哥伦比亚和康奈尔长老会医院、美国哈佛医学院、美国克利夫兰医学中心、美国斯坦福大学、美国西北大学、约翰·霍普金斯大学、伦敦大学学院、英国爱丁堡大学、德国雷根斯堡大学医院、新加坡国立大学医院、香港中文大学威尔士亲王医院、香港大学玛丽医院、中国医学科学院北京协和医院、四川大学华西医院、中国人民解放军总医院、上海交通大学医学院附属瑞金医院、复旦大学附属中山医院等国内外知名医疗卫生机构及大学进修学习。

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医院在“国考”及四大全国医院排行榜中稳中有进，2022年最高位列全国第7位。2022年度中国医院/中国医学院校科技量值（STEM）”排行榜中，医院3大学科排名全国前10，科技产出排名全国医院第3名。2022年度《中国医院创新转化排行榜》上，医院荣获“全国进步最快榜单第1名”“专利授权量榜单第7名”“专利申请量榜单第8名”等多个全国前十奖项。

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